模式識別受體的特定家族負責檢測各種病原體并產生先天免疫反應。哺乳動物細胞內NOD樣受體（Intracellular NOD-like receptor，NLR）家族有20多個成員，在識別細胞內配體方面起著關鍵作用。NOD1和NOD2是兩種原型NLR，它們感知從內體隔間逃逸出來的細菌肽聚糖片段的存在，驅動NF-κB和MAPK的激活、細胞因子的產生和凋亡；另一方面，一組不同的NLR通過稱為炎癥小體的多蛋白復合物的組裝誘導Caspase-1活化。Caspase-1的激活調節促炎細胞因子IL-1β、IL-18的成熟，從而啟動固有免疫和獲得性免疫。 由于細胞內病毒復制而出現在細胞中的非自身RNA被稱為RIG-I樣受體（RLR）的胞質RNA解旋酶家族識別。RLR蛋白包括RIG-I、MDA5和LGP2，在免疫細胞和非免疫細胞中均有表達。RIG-I和MDA5識別不同類型的病毒RNA，但使用共同的信號通路對各種不同的病毒作出反應。在識別病毒核酸后，RLR招募特定的細胞內銜接蛋白來啟動信號通路，從而導致I型干擾素和其他炎癥細胞因子的合成。